| =Development of Integrated & Intelligent GENOME
Information DB System |
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BioInfo Bank とは？・・・ |
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日本における蛋白質構造解析のトップレベルの専門家を中心として、九州工業大学生命情報工学科教授 皿井明倫博士 (
Prof. Akinori SARAI ：Kyushu Institute of Technology,
Dept. of Bioscience and Bioinformatics)の研究室と産学共同研究開発体制を組んでいる。皿井教授は米国ＮＩＨ、理化学研究所（The
Institute of Physical and Chemical Research： ＲＩＫＥＮ）を経て本研究分野２５年の日本における第一人者である。 |
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ポストゲノムの時代はタンパク質の構造と機能の解析キーを握っていると言っても過言ではない。医薬品などの高分子機能素子の開発には、未知のタンパク質の構造と機能を推論することの重要性は論を待たない。本研究では、九州工大皿井明倫教授らと共同で我が国独自に開発されたゲノム情報DB(例えば、タンパク質熱力学DBやタンパク質−核酸相互作用DBなど。各々DBについては(  参照
)であるBioInfo Bank上で、帰納論理プログラミングILP(InductiveLogic Programming)の手法を使って当該DBに格納されたさまざまな事例から述語論理式(Prolog)を生成し、タンパク質foldingパターンやタンパク質−核酸相互作用のルールなどを抽出する。具体的にはHIVプロテアーゼ活性パターンなど帰納学習に基づいた知識発見によるルールの自動獲得のシステムを目指す（  参照）。
このことにより、医薬品関連開発研究者にとって実用システムとしての謂わば学習機能を備えた“知的”ゲノム情報DBシステムを構築する(  参照)。
一方、タンパク質の立体構造情報はその機能理解にとっても極めて重要な情報と言わなければならない。
本研究・開発プロジェクトの更なる特徴は、Protein Data Bank (PDB) 上のホモロジーモデリングによるタンパク質“全原子”座標の予測ツールをも備えた“統合”知的ゲノムDBシステムを目指すものである。こうして述語論理に基づくILPの手法と数理解析に基づく立体構造予測ツールとを互いに補完且つ融合させることにより、より完成度の高いゲノム情報の知的統合システムが期待される。
こうして、ゲノムと人工知能並びにＩＴを融合させ、Ｗｅｂ上で国際的なサービスを展開する。 |
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総合知的ゲノムＤＢシステム
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Our GENOME
Information Databases ? |
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BioInfo Bank − 以下のＤＢ群からなる。
3DinSight:
An Integrated Relational Database and Search Tool for
the Structure, Function and roperties of Biomolecules
ProTherm:
Thermodynamic Database for Proteins and Mutants
ProNIT:
Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions
ProLINT:
Protein-Ligand Interaction Database |
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ＨＩＶについて |
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ＨＩＶ関連知識抽出に関しては東北大学大学院医学系（感染病態学）教授 服部俊夫博士（Prof. Toshio
HATTORI：Dept. of Respiratory and Infectious Diseases,
School of Medicine, Tohoku Univ.）及び、名古屋市立大学医学部 分子医学研究所（分子遺伝学部門）教授 岡本 尚博士（Prof.
Takashi OKAMOTO：Dept of Molecular Genetics, Institute
of Molecular edicine, Nagoya City Univ.）の協力を仰ぐ。両博士はＨＩＶ研究に関する日本の第一人者である。 |
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